公积金贷款是会二次补扣，但是都是在还款日后进行的，再加上公积金贷款并没有宽限期，后续就算还清了可只要超过规定的还款期限，同样会算做逾期，除了会收取罚息外还会影响征信。

银行会在T 1日把逾期记录上报到央行征信系统，征信更新后在公积金贷款记录上会显示1次逾期，后续如果再出现逾期，则数字会不断增大，造成的后果也越严重，以后想要办理贷款或者信用卡难度会越来越大，甚至会直接被拒贷