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商贷转公积金需要把余款先付清。商贷转公积金贷款必须先取得房屋的产权证，再拿房屋产权证去公积金中心做抵押，才能够申请到公积金贷款。如果商贷没有结清，房屋产权证就是抵押在银行的，所以贷款人只能先将商贷的余款全部结清，拿到房屋产权证原件以后，才能够去公积金中心申请贷款。

另外需要注意，商贷转公积金贷款要先经过中心审核同意，才能够去办理相关手续。也就是说首先要咨询商贷银行，是否可以提前结清，然后再咨询公积金中心是否满足公积金贷款要求，双方都批准了，再着手准备下一步手续。避免出现用户四处筹钱把商贷还清了，结果公积金贷款不满足条件的情况，这样会给用户造成一些不必要的费用支出，同时也会耽误用户很多时间。