农村自建房可以贷款，只要农村自建房有房产证，那么就可以申请住房抵押贷款。而没有房产证，则不能办理抵押贷款。由于农村部分自建房是没有房产证的，因此有部分房产无法申请贷款。用户的房产能否申请贷款，以有没有房产证为准。

另外，房产证主要是用于抵押给银行，当用户没有按时还款时，银行是有权拍卖房产来还款的。