1、贷款利率不同　　公积金贷款5年以上贷款利率为3.25%，产生的总利息低。　　商业贷款，无折扣的情况下贷款利率为4.9%，贷款的总利息比较高。　　组合贷款的贷款利率介于3.25%和4.9%之间，贷款的总利息相对适中。

2、贷款的额度不同　　公积金的贷款额度受个人公积金缴存年限、余额的限制，此外，政策还规定了公积金的最高可贷款额度；组合贷款和商业贷款的贷款额度比公积金的贷款额度高。　　因此，很多人在公积金贷款额度不够的情况下，选择组合贷款。

3、贷款的条件不同　　商业贷款的要求是个人信用良好，没有不良征信记录，具备还款能力。只要是购买房屋，不管是普通住宅还是商住楼、别墅、写字楼，都可以采用商业贷款。　　采用公积金贷款，也要求个人的信用良好，此外还有要求，就是自贷款之日起前6个月，个人的公积金账户须是连续正常且足额缴纳的。公积金贷款仅针对购买普通住宅的家庭，别墅等非普通住宅、商住楼等非住宅，是不可以使用公积金贷款的。　　组合贷款则必须同时满足公积金贷款和商业贷款的要求。　　此外，个人有公积金贷款未结清，不能再采用公积金贷款和组合贷款；而有商业贷款未结清，除开限购限贷因素外，还可以再采用商业贷款买房。还有一个问题就是，在很多城市买房，公积金异地贷款受到限制，自然组合贷款也是不行的；而商业贷款，则可以不受地方的限制。